拡張子のないファイルに間違って違うファイルタイプをつけてしまったとき(たとえばperlなのにPHPに紐付けてしまったとか)、
PhpStormはその紐付け情報を プロジェクトをまたいで永久に記憶してしまうので、それを削除する方法
メニューの File⇒Settings から Editor⇒File Types で、
Recognized File Types から間違って付けたファイルを選択し、
削除したいファイル名を選んで「−」ボタンで削除し、
「Apply」または「OK」ボタンで確定する。
そもそもPhpStormがshebangを理解してくれればこんな苦労も無いのだが、なかなか実装されない。
気長に待つほかない