このスプリットは削除できません。

This is the split anchoring this transaction to the register. You may not delete it from this register window. You may delete the entire transaction from this window, or you may navigate to a register that shows another side of this same transaction and delete the split from that register.

スプリットのうち、今表示中の勘定科目の取引を削除することはできないので、別の科目で表示してそっちで削除するようにする。
gnucashの仕様というか、しかたない不具合。