lighttpdの設定

BASIC認証

/etc/lighttpd/conf-enabled/05-auth.conf

server.modules                += ( "mod_auth" )
auth.backend                   = "htpasswd"
auth.backend.htpasswd.userfile = "/etc/hoge-htpasswd"
auth.require                   = ( "/" => 
                                   ( 
                                     "method"  => "basic",
                                     "realm"   => "Hoge hoge",
                                     "require" => "valid-user"
                                   )
                                 )

lighttpdに.htaccessは無いので、大元の設定ファイルをいじるほか無い。あとは見たとおりのまま。
参考：lighttpdでユーザー認証を行うには（Basic認証編） − ＠IT

cgi

/etc/lighttpd/conf-enabled/10-cgi.conf

server.modules  += ( "mod_cgi" )
cgi.assign = (".cgi"=>"")

*.cgiが実行ファイル（実行スクリプト）のときはとくになにも指定しなくていい。