コメント行 は / で始まってるという仮定で
diff -B -I '^\s*\/' hogeA.c hogeB.c
-Iオプションで正規表現にマッチした行を無視する
-Bで空行の追加削除を無視する
基本的に-Iオプションで無視された行も、変更は無視されるけど追加削除された行は表示される。
ただ、内部的に空行っぽい扱いを受けているようなので、-Bでさらに空行を無視する指定をすると うまく消えてくれる。
普段はデフォルトで-w(スペースのみの変更も無視)も指定しているので
colordiff -wBI '^\s\/' hogeA.c hogeB.c
