apacheの conf.d/hoge.conf の設定内容は httpd.conf で上書きされる

includeはわりと先頭の方にあるので、だいたい conf.d/*.conf のあとに httpd.confが動作すると思っていればよい。
したがって、 conf.d/hoge.conf に何か書いても httpd.conf に同じ設定があれば上書きされる

例：
httpd.conf

Include conf.d/*.conf
・・・
<Directory "/var/www/html">
     Options Indexes FollowSymLinks
     AllowOverride None
</Dorectory>

conf.d/hoge.conf

<Directory "/var/www/html">
     AllowOverride All
</Dorectory>

hoge.confで設定した AllowOverride All は、後からhttpd.confで上書きされる（つまり効果がなくなる）

conf.d/welcome.conf は頭文字 w で、hoge.confよりは後に呼ばれる上に、DirectoryディレクティブじゃなくてLocationディレクティブでなんかしてくるので気を付ける
【apache】Options Indexes が効かない？ at softelメモ

揮発性のメモ２